標準では文字化けしてしまう。
\ifnum 42146=\euc"A4A2 \AtBeginDvi{\special{pdf:tounicode EUC-UCS2}}\else
\AtBeginDvi{\special{pdf:tounicode 90ms-RKSJ-UCS2}}\fi
と書いたらうまく行きました。
\bibliographystyle{jplain}
\bibliography{filename}
BIBファイルはデフォルトだと\texmf\bibtex\bibに置くが……
環境変数を設定することで bib ファイルの置き場所を変えることが できます。例えば、c:\home\tex というフォルダを bib ファイルを置き場所にしたい ときには、BIBINPUTS という環境変数にそのフォルダを指定してください。Windows 2000/XP ユーザーなら、コントロールパネル→システム→環境変数で指定できます。
以下、その他の参考サイト。
\addcontentsline{file}{type}{text}
\input{ファイル名}
http://www.sfc.keio.ac.jp/mchtml/cns-guide/2000/8/3/7.html